Das Gründungskapital der Gesellschaft betrug 1 Mio. Mark. Hier vereinigten die Rhenania Speditionsges m.b.H., und die der Frankfurter Speditionsfirma Karl Presser & Co. GmbH, gehörige Bavarialinie in Bamberg ihre Maininteressen, indem sie den beiderseitigen Mainschiffspark in einer Organisation zusammenfassten. Auf die Gesellschaft gingen auch die bereits bestehenden Speditions- u. Umschlagsbetriebe in Aschaffenburg, Würzburg u. Bamberg über. Im Aschaffenburger Regiehafen wurde eine Werft- und Umschlagsanlage errichtet. Die neue Gesellschaft verfügte über eine Mainflotte von 36 eigenen Schiffen, darunter 13 Motorschiffe, mit einer Tragfähigkeit von 12 000 t. Die von der Bavarialinie bis dahin auf dem Main und dem Donau-Main-Kanal unterhaltenen regelmäßigen Schiffsverbindungen wurden von der neuen Gesellschaft in erweitertem Umfange fortbetrieben. Die Bavaria Schiffahrts- u. Speditions- A.-G. wird Mitglied der Bayerischen Rheinschifffahrtsgruppe (Rhenania-Konzern). Sie hatte Zweigniederlassungen in Aschaffenburg, Kitzingen, Nürnberg, Fürth, Schweinfurt, Regensburg und Würzburg. 

Das Aktienkapital wurde 1922 um 2 Mio. Mark auf 3 Mio. erhöht. 1924 erfolgte die Umstellung auf Reichsmark im Verhältnis 3:1. Dabei wurden die 3.000 Aktien zu 1.000 Mark in 1.000 Aktien zu 1.000 Reichsmark umgewertet. 1942 wurde der Nennwert der Aktie durch Beschluß des Aufsichtsrats auf 1.300 Reichsmark heraufgesetzt. 

Es bestanden Beteiligungen an der Bavaria Agentur Gesellschaft m.b.H., Bamberg, sowie an der Bavaria Kohlenhandelsgesellschaft m. b. H., Nürnberg. Mit der Demerag Donau-Main-Rhein-Schiffahrts-A.-G., Nürnberg, bestand eine Betriebsgemeinschaft und ein Vertrag über eine Interessensgemeinschaft. Die Demerag war nach dem Ausscheiden der Rhenania zeitweise auch Großaktionär der Gesellschaft.