Die Gesellschaft ist aus der ehemaligen  Afrikanische Dampfschiffs-Actiengesellschaft Woermann-Linie hervorgegangen, die 1895 ihren Namen änderte. Zunächst als GmbH fortgeführt, profitierte sie von der wachsenden Bedeutung der Kolonien. 1902 trat nach dem Tod von Eduard Bohlen, Arnold Amsinck in die Gesellschaft ein, die aus steuerlichen Gründen nun die Rechtsform einer KG wählte.

1904 hatte die Woermann Linie dann ein ernsthaftes Problem. Mit dem Aufstand der Eingeborenen in Westafrika, mussten die Transportleistungen von einem auf den anderen Tag vervielfacht werden. Nur durch weitere Ankäufe und Neubauten konnte dieser Kraftakt bewältigt werden. Die Woermann-Flotte hatte 1907 130.000 BRT, was einer Steigerung von 65.000 BRT gegenüber 1904 entsprach.

Aber die Kriegsjahre hatten Konsequenzen. Die Hamburger Firma Menzell & Co. hatte mehrere Dampfer an Woermann verchartert und so Erfahrung in der Westafrika Fahrt gesammelt. Nun beschloss Menzell & Co. die Chinesische Küstenfahrt-Gesellschaft in Hamburg-Bremer Afrika-Linie (HBAL) umzubenennen und selbst die Westafrika-Fahrt aufzunehmen. Aber Woermann zeigte sich entschlossen und schon bald war die HBAL am Ende. Vorher hatte jedoch der Norddeutsche Lloyd die HBAL unterstützt und somit die Hamburg-Bremer Afrika-Linie aufgekauft.

Das war eine vollkommen neue Situation, denn ein Kampf mit den mächtigen Norddeutschen Lloyd wäre teuer geworden, dabei hatte man jetzt nichts nötiger als eine ruhige Phase um in den Friedensbetrieb zurückzukehren. Aber ein anderer hatte ebenfalls Interessen, die sich gegen den NDL richteten. Albert Ballin wollte nicht das die Bremer in seine Hamburger Domäne einbrechen. So bot er der Woermann Linie Hilfe an und wollte dafür 25% des Westafrika Verkehrs. Ein Angebot das für Woermann zwar schmerzlich war, aber schließlich nahm er die Hilfe an und Hamburg-Amerika übernahm acht Dampfer der für Friedenszeiten zu großen Woermann Linie.

1907 wurde der Vertrag über die Betriebsgemeinschaft zwischen der HAPAG und der Woermann geschlossen, dem auch die Deutsche-Ost-Afrika-Linie beitrat. Schließlich trat 1908 auch die Hamburg-Bremer Afrika-Linie diesem Vertrag bei und unter Führung der Woermann Linie wurde die Westafrika-Fahrt nun als Gemeinschaftsdienst betrieben. 1911 starb Adolph Woermann im Alter von 64 Jahren.

Sein Nachfolger Eduard Woermann entschloss sich 1916 angesichts der Schiffsverluste und der Schäden, die dem Handelshaus entstanden waren das Engagement in der Afrikaschifffahrt aufzugeben. Die Familie verkaufte ihre Anteile an der Woermann Linie und der Deutsch-Ost-Afrika Linie an ein Konsortium das aus HAPAG, NDL und Hugo Stinnes bestand. Beide Reedereien erhielten einen gemeinsamen Vorstand als dessen Vorsitzender Arnold Amsinck berufen wurde.

1921 übernahmen die HAPAG und NDL die Anteile von Hugo Stinnes und hielten somit jeweils an beiden Linien 37,5% der Anteile. Durch eine Herabsetzung des Nennwertes der Aktien um 80% gelang es im Jahr 1924 dann der HAPAG den Einfluss des NDL zu verringern, die vorher durch die zusätzlichen Prozente der HBAL ein Übergewicht zu bekommen schien. 1927 wurde dann der 1907 geschlossene Vertrag für den Deutschen Afrika-Dienst für weitere 20 Jahre verlängert. In den folgenden Jahren entwickelte sich die Passagierschifffahrt für die Woermann Linie positiv, während die Ergebnisse der Frachtschifffahrt sich aufgrund ausländischer Konkurrenz verschlechterten.

1934 dann der nächste Einschnitt. Im Zuge der Neuordnung der deutschen Schifffahrt mussten die HAPAG und der NDL sich von ihren Anteilen an der Woermann Linie trennen. Hauptaktionär war nun das Deutsche Reich. 1941 kaufte der Zigarettenfabrikant Reemtsma dem Reich die Aktien ab und gab sie später an den Tankreeder John T. Essberger weiter. Die Woermann Linien firmierte nun als GmbH. Nach Kriegsende wurde die Linie nicht wieder betrieben.