Es war 1904 als aus der ehemaligen Werft Schömer & Jensen die Eiderwerft hervorging. Schömer & Jensen  waren zuvor durch eine eher planlose Erweiterungspolitik und den Zusammenbruch des Bankhauses A. Davids in Schwierigkeiten geraten. So übernahm die Eiderwerft AG mit einem Aktienkapital von 2 Mio. Mark ausgestattet die Firma und alle Anlagen.

Jedoch, auch unter dem neuen Namen wurde es nicht besser. Schon 1907 bekam die Eiderwerft Probleme und die Aktionäre der Werft wurden gebeten 30% nachzuschießen, damit das Unternehmen weitermachen konnte. Dafür sollten die Aktien in Vorzugsaktien mit garantierter Dividende von 6% umgewandelt werden. Man mag es kaum glauben, aber 1.604 Aktien wurden umgewandelt und nur die Inhaber von 196 Aktien waren weitsichtig. Deren Aktien wurde im Verhältnis 4:1 zusammengelegt, so daß danach ein Eigenkapital von 1.653.000 Mark in den Büchern stand.

Nun, es kam wie es kommen musste. Die Werft, sie hatte sich zwischenzeitlich auf Fischdampfer spezialisiert, lehnte Fusionen mit der Neptunwerft, Rostock und den Howaldswerken ab und übernahm sich mit dem Neubau der elektrischen Zentrale und der Maschinenwerkstatt, sowie dem Kauf neuer Maschinen. Zusätzlich überschritt der Bau der firmeneigenen Speiseanstalt die geplanten Kosten.  

Im Februar 1910 beantragte die Gesellschaft Konkurs, der mangels Masse abgelehnt wurde. Die Aktionäre verloren alles, nur den Inhabern von zwei Schuldverschreibungen blieb ein kleiner Rest aus dem Erlös der Werfteinrichtungen. Der Betrieb ging an die Werftbetriebs-Gesellschaft m.b.H in Tönning (später Tönninger Schiffswerft und Maschinenfabrik GmbH) über, bis sich ein günstigerer Zeitpunkt zu ihrer Veräußerung ergeben sollte.

Dies geschah 1917 als die Schiffswerft und Maschinenfabrik "Hansa" AG die Gesellschaft übernahm und sie zur Keimzelle der Norddeutschen Union-Werke, Werft, Maschinen- und Waggonbau machte. Nach deren Konkurs wurde die Werft abgerissen und 1933 ein Seefliegerhorst errichtet. Heute ist das Gelände im Besitz der Bundesmarine.